Fabuła w pierwszym akcie zaczyna się o zmierzchu, gdzie pod drzewem rosnącym przy wiejskiej drodze spotykają się dwaj przyjaciele. Są to panowie w średnim wieku, o imieniu Estragon i Vladimir. Vladimir zaczyna rozmowę z Estragonem pytaniem, gdzie ten spędził ostatnią noc. Obaj bohaterowie są bezdomnymi włóczęgami, dlatego też Estragon odpowiada, że spędził noc w rowie. Zaczynają rozważać nad swoim życiem. Niewiele wiemy o ich przeszłości. Vladimir stwierdza jedynie, że „przed tysiąc dziewięćsetnym” było o wiele lepiej: wówczas liczono się z nimi, ale, jak mówi, to wszystko działo się „milion lat temu”.
Mężczyźni nie potrafią bez siebie żyć, chociaż wydaje się, że są kompletnie różni i niekiedy ciężko jest im się ze sobą porozumieć. Ich losy są bardzo podobne, jednak mężczyźni mają zupełnie odmienne nastawienie: Estragon jest całkowicie pogodzony ze swoim losem, natomiast Vladimir pragnąłby czegoś innego i wierzy, że istnieje ktoś, kto mógłby wyrwać ich z tej beznadziejności. Tą osobą jest tytułowa postać, czyli Godot.
Vladimir twierdzi, że Godot wyznaczył im czas i miejsce spotkanie w sobotę właśnie przy tej drodze pod drzewem, przy których się znajdują. Czekają więc na jego przyjście. Estragon co prawda nic sobie nie przypomina, ani też nie podziela wiary przyjaciela w nadejście Godota, jednak czeka wraz z Vladimirem. Bohaterowie umilają sobie czas dyskusjami, które najczęściej ograniczały się do poszukiwania tematu przez Vladimira, a kończyły na odpowiedzi Estragona, który po drugim zdaniu zapominał już, o czym była mowa. Przez to rozmowy między bohaterami wydają się pozbawione sensu. Estragon zdecydowanie wolał poświęcić czas oczekiwania na sen oraz bezczynność.
W pewnym momencie do włóczęgów dołączają Pozzo i Lucky – Pan i sługa, traktowany przez swojego właściciela jak zwierzę w bardzo arogancji, czy też nawet brutalny sposób. Pozzo jest przeświadczony o swojej wyższości, żąda okazywania sobie szacunku. Jednak z drugiej strony można powiedzieć, że jest on po części bezradny. Świadczy o tym scena, kiedy Pozzo mówi, ze chętnie by usiadł, ale nie wie jak to uczynić.
Lucky z kolei jest istotą zniewoloną, o czym świadczy sznur zawiązany na jego szyi, za pomocą którego Pozzo może kierować swym towarzyszem. Lucky służy swojemu Panu, robi wszystko, żeby Pan się go nie pozbył, dlatego też nieustannie trzyma bagaż w rękach.
Wszyscy bohaterowie toczą ze sobą rozmowę na temat swojego życia. Estragon i Vladimir wciąż oczekują na Godota, natomiast Lucky i Pozzo odchodzą, by kontynuować wędrówkę do bliżej nieokreślonego celu. Na końcu pierwszego aktu zjawia się chłopiec, który okazuje się być posłańcem Godota. Informuje on, że Godot tej nocy nie przybędzie do nich i mają przybyć w to samo miejsce, o tej samej porze, następnego dnia.
W drugim akcie Estragon i Vladimir znajdują się w tym samym miejscu, nadal oczekując na przybycie Godota. Rozmawiają o wydarzeniach z poprzedniej nocy, jednak Estragon z początku zupełnie nic nie pamięta. Wspominają postawy Lucky’ego i Pozzy’ego. Znajdują ich kapelusze i postanawiają zabawić się. Vladimir udawał Lucky'ego, a Estragon Pozza. Niedługo po tym pojawili się Lucky i Pozzo – jednak okazało się, że Pozzo oślepł, a Lucky ma nowy kapelusz i został niemową. Oboje są kalekami i ciągle się przewracają.
Bohaterowie niedługo rozmawiają ze sobą, po czym znów odchodzą. Ponownie przychodzi Chłopiec, który dzień wcześniej zapowiedział nadejście Godota. Młodzieniec twierdzi jednak, że wczoraj nie było go w tym miejscu. Przekazuje informację, że Godot znowu się nie pojawi tego wieczoru, ale mają przyjść jutro w to samo miejsce. Bohaterowie następnego dnia chcą popełnić samobójstwo poprzez powieszenie się na drzewie. Chcieli dać sobie spokój z bezskutecznym czekaniem. Drugi akt kończy się pytaniem Vladimira: to co, idziemy? Na co Estragon odpowiada: Chodźmy .
