W trakcie II Wojny Światowej duchowni byli prześladowani, ponieważ zostali uznani przez Niemców za najbardziej niebezpieczną grupę. Ich religijna postawa była oparciem i źródłem wiary w swoje siły narodu polskiego, przez co już od pierwszych dni wojny byli łapani i aresztowani, po czym zsyłani do obozów koncentracyjnych. Musieli tam znosić bardzo ciężkie kary i nie mogli praktykować swojej wiary. Padli oni ofiarą niemieckiej akcji „Tannenberg”, która miała za zadanie wyeliminowanie elit przywódczych i moralnych. Jednym z najbardziej znanych obozów koncentracyjnych, do którego trafiali duchowni, był obóz w Dachau, do którego w trakcie II Wojny Światowej trafiło łącznie 2794 duchownych. Jednym z więźniów obozu był ksiądz Stefan Frelichowski, który później trafił do więzienia hitlerowskiego - Fortu VII w Toruniu. Mimo panujących tam bestialskich warunków dzielnie pełnił swoją funkcję, wysłuchując spowiedzi współwięźniów. Później w styczniu 1940 roku trafił do obozu Stutthof, gdzie w dalszym ciągu kontynuował posługę kapłańską, narażając się tym samym niemieckim gestapowcom. W Wielki Czwartek 1940 roku zorganizował dla więźniów potajemną liturgię. Przenoszony do kolejnych obozów kontynuował organizowanie mszy świętych czy spowiedzi, a później pomagał chorym podczas epidemii tyfusu.
Uwagę należy również zwrócić na polskich duchownych pracujących na terenie Wolnego Miasta Gdańska, czyli na Franciszka Rogaczewskiego, Bronisława Komorowskiego oraz Mariana Góreckiego. Byli oni odpowiedzialni za pracę w polskich kościołach, gdzie aktywnie podtrzymywali ducha narodowego, mimo wyśmiewania przez niemiecką większość. W trakcie wojny zostali aresztowani i osadzeni w obozie koncentracyjnym Stutthof, gdzie zostali zamordowani za swoją duchowną postawę.